Pela derivação de parâmetros desta operação de contagem, é possível usar este método para analisar muitas características de partículas, por meio do qual a propriedade a ser determinada pode ser selecionada pela marcação específica.
Uma aplicação corrente e promissora é a marcação por corantes e isolamento de células anti-genes específicos, como parte de uma estrutura de desenvolvimento de métodos de tratamento, por ex. infecções virais ou câncer.